สาธารณรัฐซันแมกโนเลียถูก จักรวรรดิ ซึ่งเป็นดินแดนข้างเคียงส่งจักรกลรบไร้พลขับ ลีเจี้ยน เข้ามาทุกวัน ทำให้มีการตอบโต้ด้วยอาวุธแบบเดียวกัน โดยไม่มีใครสูญเสีย แต่ความจริงในสาธารณรัฐที่มี 85 เขต ยังมีเขตที่ 86 ที่ไร้ตัวตน ให้พวกหนุ่มสาวอันถูกตีตราว่าเป็นพวก เอทตี้ซิกซ์ ได้เข้าต่อสู้ในฐานะ “จักรกลมีพลขับ” เสี่ยงชีวิตสู้กับพวกจักรวรรดิ

ปีศักราชอวกาศที่ 0083 ภายหลังจากสงครามหนึ่งปีที่ป้อมปราการอวกาศ “อาวบาคู” สิ้นสุดลง ฝ่ายสหพันธ์มีชัยชนะเหนือกว่าฝ่ายจักรวรรดิซีออน ในศึกครั้งนั้น “กิเรน ซาบี้” ผู้นำสูงสุดแห่งจักรวรรดิซีออนได้เสียชีวิตลง จึงส่งผลให้ขวัญกำลังใจของชาวสเปซนอยด์ที่ต้องการเอกราชจากการถูกกดขี่จากโลกแทบมลายหายสิ้นไป…

เรื่องราวของกุเร็นลากันน์เริ่มต้นขึ้นในโลกแห่งอนาคตที่ไม่ค่อยจะงดงามดังภาพจินตนาการเท่าใดนัก เนื่องจากมนุษย์ถูกจำกัดบริเวณไม่ให้ขึ้นไปอยู่อาศัยบนพื้นผิวโลก หากมีผู้ใดลักลอบขึ้นไปยังพื้นโลก คนผู้นั้นก็จะถูกเครื่องจักรสังหาร “กันเมน” (Gunmen) ซึ่งควบคุมโดยสัตว์อสูรจัดการ ทำให้พื้นผิวโลกเป็นดินแดนต้องห้ามสำหรับมนุษย์โลก

โลกถูกแบ่งออกเป็นสามขั้วอำนาจหลัก ได้แก่จักรวรรดิบริทาอันศักดิ์สิทธิ์, สหพันธ์จีน(ภายหลังกลายเป็นสหรัฐจีน) และ สหภาพยุโรป (หรือสหพันธ์ยุโรป​) เรื่องราวเริ่มดำเนินขึ้นเมื่อบริทาเนียใช้ "อัศวินหุ้มเกราะอันโนมัติ" หรือที่เรียกว่า ไนท์แมร์เฟรม เข้ายึดครองประเทศญี่ปุ่นในปี 2010 และตั้งญี่ปุ่นเป็น "แอเรีย 11" และพลเมืองญี่ปุ่นถูกเรียกว่า "อีเลฟเว่น" ลูลูช แลมเพอรูจ เป็นเจ้าชายบริทาเนียซึ่งถูกเนรเทศมายังญี่ปุ่นเพื่อเป็นเครื่องต่อรองทางการเมือง เขาถูกส่งไปพร้อมกับน้องสาว นันนาลี วี บริทาเนีย โดยบัญชาของพระบิดา จักรพรรดิชาลส์ ซี บริทาเนีย ภายหลังที่แม่ของพวกเขา พระนางมารีแอน วี บริทาเนีย ถูกลอบสังหารในวังหลวง ซึ่งนันนาลีที่อยู่ในเหตุการณ์ครั้งนั้น ได้รับการกระทบกระเทือนทางจิตใจจนดวงตามิอาจมองเห็นได้และไม่สามารถเดินได้ ซึ่งกลายเป็นภาระของลูลูชที่จะต้องคอยดูแลน้องสาวเพียงคนเดียวของเขาแม้แต่ในช่วงที่ญี่ปุ่นตกอยู่ในภาวะสงครามกับบริทาเนีย ภายหลังสงครามสิ้นสุด ญี่ปุ่นเต็มไปด้วยซากปรักหักพัง เขาก็ได้สาบานกับเพื่อนชาวญี่ปุ่นของเขา สุซาคุ คุรุรุกิ ว่าซักวันหนึ่งจะล้มล้างบริทาเนีย Code Geass R1 ในขณะที่เชื้อพระวงศ์องค์อื่นๆคิดว่าลูลูชและน้องสาวตายไปในสงครามครั้งนั้น เจ็ดปีให้หลัง ลูลูชเป็นนักเรียนอยู่ที่โรงเรียนมัธยมแอชฟอร์ดในแอเรีย 11 โดยใช้ชื่อว่า ลูลูช แลมเพอรูจ โดยอยู่ในอุปการะของตระกูลแอชฟอร์ด

สาธารณรัฐซันแมกโนเลียถูก จักรวรรดิ ซึ่งเป็นดินแดนข้างเคียงส่งจักรกลรบไร้พลขับ ลีเจี้ยน เข้ามาทุกวัน ทำให้มีการตอบโต้ด้วยอาวุธแบบเดียวกัน โดยไม่มีใครสูญเสีย แต่ความจริงในสาธารณรัฐที่มี 85 เขต ยังมีเขตที่ 86 ที่ไร้ตัวตน ให้พวกหนุ่มสาวอันถูกตีตราว่าเป็นพวก เอทตี้ซิกซ์ ได้เข้าต่อสู้ในฐานะ “จักรกลมีพลขับ” เสี่ยงชีวิตสู้กับพวกจักรวรรดิ

ปีศักราชอวกาศที่ 0083 ภายหลังจากสงครามหนึ่งปีที่ป้อมปราการอวกาศ “อาวบาคู” สิ้นสุดลง ฝ่ายสหพันธ์มีชัยชนะเหนือกว่าฝ่ายจักรวรรดิซีออน ในศึกครั้งนั้น “กิเรน ซาบี้” ผู้นำสูงสุดแห่งจักรวรรดิซีออนได้เสียชีวิตลง จึงส่งผลให้ขวัญกำลังใจของชาวสเปซนอยด์ที่ต้องการเอกราชจากการถูกกดขี่จากโลกแทบมลายหายสิ้นไป…